AlphaFold3
AlphaFold 系列 2024 年发布的第三代模型，从单一蛋白质结构预测扩展到所有生命分子复合物，是 AI for Science 历史性突破。
定义
AlphaFold3 是基于扩散模型（Diffusion）+ 注意力机制的新一代结构预测系统，2024-05 由 DeepMind 与 Isomorphic Labs 联合发布于 Nature。相比 AlphaFold2 仅支持蛋白质单体，AlphaFold3 一次性覆盖蛋白质 - 蛋白质 / 蛋白质 - 核酸（DNA/RNA）/ 蛋白质 - 小分子配体 / 蛋白质 - 离子等几乎所有生命分子复合物体系。
技术细节
- 扩散模型架构：用扩散过程生成原子坐标，相比 AlphaFold2 的回归路径更灵活
- 多模态输入：同时处理蛋白质序列、核酸序列、化学小分子 SMILES
- 复合物预测：直接预测蛋白 - 配体 / 蛋白 - 核酸复合物的 3D 结构
- 开源策略：2024-11 代码正式开源（学术非商业用途），权重需申请
在 AI for Science 中的角色
- 药物发现革命：直接预测靶点 - 候选分子复合物结构，重新定义虚拟筛选
- 基础生物学突破：解码蛋白 - DNA / RNA 相互作用机制，加速基因调控研究
- 行业标准更新：取代 AlphaFold2 成为 2025+ 全球药物发现的事实标准底座
主要玩家
- 核心研发方：DeepMind + Isomorphic Labs
- 商业化首选：Isomorphic Labs 内部专属使用最新版本
- 开源衍生：Boltz-2（MIT × Recursion，部分功能对标）
相关概念
- ↑ up::AlphaFold
- ⚔ competitor::Boltz-2
- ∈ belongs_to::5-15-AI科学研究